加工中心坐標系統包括機床坐標系和工件坐標系，不同的加工中心其坐標系統略有不同。如前所述，機床坐標系各坐標軸的關系符合右手笛卡兒坐標系準則。

    機床坐標系是用來確定工件坐標系的基本坐標系；是機床本身所固有的坐標系；是機床生產廠家設計時自定的，其位置由機械擋塊決定，不能隨意改變。該坐標系的位置必須在開機后，通過手動回參考點的操作建立。機床在手動返回參考點時，返回參考點的操作是按各軸分別進行的，各軸沿正向返回極限位置。當某一坐標軸返回參考點后，該軸的參考點指示燈亮，同時該軸的坐標值也被清零。

    機床坐標系原點也稱機械原點、參考點或零點。通常所說的回零、回參考點，就是直線坐標或旋轉坐標回到機床坐標系原點。那么機床坐標系原點究竟在什么位置呢?機床坐標系原點是三維面的交點。不像各坐標系回零一樣可以直接感覺和測量，只有通過坐標軸的零點作相應的切面，這些切面的交點即為機床坐標系的原點。